為加強第二代測序技術檢測試劑的規范和指導，進一步保證和提高相關產品的質量，中國食品藥品檢定研究院（中檢院）組織制定了《第二代測序技術檢測試劑質量評價通用技術指導原則》，現予以發布。
該文件是中檢院發布的首個質量評價技術指導原則，旨在對產品設計、研發及驗證的各關鍵環節進行規范，從而有效地保證產品質量。此次發布的通用技術指導原則對相關產品的質量控制提出指導性意見，廣泛適用于各類第二代測序技術檢測試劑，有利于行業發展。
特此公告。
第二代測序技術檢測試劑質量評價通用技術指導原則
一、 前言
本指導原則主要針對第二代測序（next generation sequencing，NGS）技術檢測試劑（以下簡稱“NGS檢測試劑”）產品質量提出指導性要求，涉及基本原則、主要原材料、檢測流程及性能評價等方面。
本指導原則是對企業和檢驗人員的指導性文件，但不包括注冊審批所涉及的行政事項，亦不作為法規強制執行，如果有能夠滿足相關法規要求的其他方法，也可以采用，但是需要提供詳細的研究資料和驗證資料。應在遵循相關法規的前提下使用本指導原則。
本指導原則是在現行法規和標準體系以及當前認知水平下制訂的，隨著法規和標準的不斷完善、科學技術的不斷發展，其相關內容也將進行適時的調整。
二、 適用范圍
本指導原則適用于基于NGS技術的檢測試劑的質量評價。NGS檢測試劑的預期用途包括但不限于以下內容：腫瘤相關基因異常、遺傳疾病相關基因異常、胚胎植入前染色體非整倍體、胎兒染色體非整倍體及病原微生物等臨床檢測應用。此類檢測試劑涉及的NGS技術包括靶向性測序和非靶向性測序：靶向性測序法是指對樣本中的基因組進行部分測序，如靶基因測序、外顯子（組）測序等；非靶向性測序是指對樣本中潛在生物體的基因組進行測序。原則上不建議企業應用全基因組測序進行檢測，如果企業應用全基因組測序技術，應進行充分的技術適用性驗證并提交報告。
待測樣本可以是人源樣本（如體液、組織、排泄物等）或病原微生物分離培養物（如血培養物、痰培養物等），檢測對象可以是脫氧核糖核酸（DNA）、核糖核酸（RNA）或兩者的混合物。
本指導原則盡可能覆蓋所有的NGS技術原理和測序平臺，所討論和描述的內容不限于某個特定的NGS檢測試劑。但鑒于NGS技術一直在不斷升級和更新，可能會有本指導原則未能涉及的新技術。
三、 基本要求
（一） 基本原則
1. NGS檢測試劑的生產企業應獲得《醫療器械生產許可證》。研制、生產用的各種原料、輔料等應制定其相應的質量標準，并應符合有關法規的要求。
2. 試劑生產企業生產質量管理體系應符合《醫療器械生產質量管理規范》及《醫療器械生產質量管理規范附錄體外診斷試劑》的要求，并應通過《醫療器械生產質量管理規范體外診斷試劑現場檢查指導原則》的核查。
3. 試劑生產企業應具有與其技術要求相適應的人員、廠房、設施和儀器設備以及適宜的生產環境。建立專用實驗室，實驗室應當嚴格分區，人員和物品應當單向流動，以最大限度地防止實驗過程中樣本之間的污染和避免擴增產物的污染。生產用于病原微生物核酸檢測的生產企業應建立符合生物安全要求的設施和措施。
（二） 主要原材料
NGS檢測試劑的主要原材料包括實驗原材料和數據分析原材料。實驗原材料包括引物、探針、酶、參考品或標準品等，企業應提供盡量完整的研究資料，如選擇與來源、制備過程、質量分析和質量標準等；數據分析原材料包括數據庫（參考序列）、生物信息學分析軟件及數據儲存中心等。數據分析原材料能影響檢測結果，企業應提供盡量完整的研究資料，如數據庫（參考序列）的溯源性、生物信息學分析軟件的算法以及數據儲存中心的安全性與穩定性等。
對于實驗原材料，若企業自己生產，其生產工藝必須相對穩定；若來自市場（從其他單位購買），應提供的資料包括：對供應商審核的相關資料、購買合同、供貨方提供的質量標準、出廠檢定報告，以及該原材料到貨后的質量檢驗資料。原材料或其供應商發生變更，應依據國家相關法規的要求進行變更申請，并重新對產品進行性能驗證。
對于數據分析原材料，若企業自己提供，應具有完整的生物信息學分析軟、硬件能力，制定相應的開發、維護及升級等方案；若來自市場（購買服務或產品），應提供相應的驗證資料及后續的維護、升級等方案資料。如材料發生變更，應重新對產品進行性能驗證，并依據國家相關法規的要求進行變更申請。
建議企業提供的詳細資料包括但不限于以下內容：
1. 核酸提取、分離及純化組分的主要組成、原理介紹及相關的驗證資料，需覆蓋產品檢測涉及的各樣本類型。
2. 測序文庫構建組分的主要組成、原理介紹及相關的驗證資料
構建測序文庫的主要原料（脫氧三磷酸核苷、接頭序列、連接酶、聚合酶、逆轉錄酶、限制性內切酶、引物、探針、接頭及其他主要原料）的選擇、制備、質量標準及研究資料。如以上原材料來自市場，企業可提供供應商出具的質檢報告。如供應商提供的原材料為混合體系，可提供針對混合體系的質檢報告。
2.1 脫氧三磷酸核苷（dNTP）
核酸的組成成分，包括：dATP、dUTP、dGTP、dCTP和dTTP；建議提交對純度、濃度及保存穩定性等的驗證資料。
2.2 引物、探針及接頭
引物、探針及接頭均是由一定數量的dNTP構成的特定序列。探針帶有特定的標記物，能與互補核酸序列退火雜交，用于特定核酸序列的探測和捕獲。接頭包括條碼（barcode）或標簽（index），用于將待測核酸與測序載體連接、區分不同來源的樣本等。
建議企業提交序列選擇、制備方法、質量標準，以及對分子量、純度、保存穩定性、功能性實驗等的驗證資料。如果為外購，需提供合成機構出具的合成產物的質檢證明。
2.3 連接酶、聚合酶、逆轉錄酶及限制性內切酶
連接酶、聚合酶、逆轉錄酶及限制性內切酶應具有相應的酶活性。建議提交酶活性、熱穩定性及工作效率等驗證資料。
3. 參考品或標準品原料選擇、制備、定值過程、穩定性研究及性能驗證等資料。
4. 核酸類檢測試劑的包裝材料和耗材應無脫氧核糖核酸酶（DNase）和核糖核酸酶（RNase）污染，建議提交相應檢測報告。
5. 數據庫（參考序列）
數據庫（參考序列）用于NGS檢測試劑的生物信息學分析，輔助測序比對拼接和測序結果確認。建議企業提交數據庫（參考序列）的溯源信息、數據庫類型（本地數據庫、在線數據庫）、完整性、實時性、維護以及升級方案等資料。
6. 生物信息學分析軟件
用于對原始測序結果進行分析并報告最終檢測結果。建議企業提交分析軟件的版本、算法、性能驗證以及升級方案等資料。
7. 數據存儲中心
用于儲存原始和經過分析后的檢測結果，可以是本地或云儲存中心。建議企業提交數據存儲中心的安全性、穩定性、維護與升級方案以及異常情況處置方案等資料。
（三） 檢測流程
NGS檢測試劑的檢測流程可以分為樣本收集、樣本制備、測序、生物信息學分析及報告和數據庫管理等五個環節。企業在設計開發過程中應充分考慮每個環節的質量控制，并進行驗證。
1. 樣本收集
樣本可以為人體樣本（如體液、組織、排泄物等）或病原微生物分離培養物（如血培養物、痰培養物等）。樣本的獲取及預處理方式、保存條件及期限（短期、長期）、運輸條件等若有通用的技術規范或指南，則應遵循，并引用；若沒有通用的技術規范或指南，則企業應該設立自己內部的標準操作流程，以保證樣本的質量，并且防止樣本間的混淆與交叉污染。不同類型的樣本所抽提的核酸的質量可能有所差異，對于每一種類型的樣本，應當明確檢測所需樣本的用量。如樣本不符合要求，應重新取樣。
企業需明確標識出以下內容，包括產品適用的樣本類型、采集時間、采集部位、采集方式、采集量及保存和運輸條件等內容。樣本的采集時間的選擇需考慮是否受臨床癥狀、用藥情況等因素的影響；采集部位應考慮樣本的代表性、操作的難易程度及安全性等因素；采集方式應詳述具體的操作方法或列出相關操作指南文件以指導使用者（含圖示）；企業根據產品預期用途，設計具體的采集量標準，企業應明確采集量判斷標準及方法；保存和運輸條件應保護樣本中的核酸，企業應明確樣本的保存條件（溫度、濕度等）及期限（短期、長期）、運輸條件（溫度、濕度等）及反復凍融限制等。
2. 樣本制備
2.1 核酸提取、分離及純化
樣本中核酸的提取、分離及純化的主要目的是為了富集核酸濃度并保證核酸序列的完整性。企業應在NGS檢測試劑的設計開發過程中對配套使用的核酸提取、分離及純化試劑進行匹配性驗證，以確保其性能滿足檢驗的需要。企業應明確檢測所需核酸的最小用量。
企業應該設立核酸抽提及抽提后質量控制的書面標準操作流程，并依據性能驗證結果在此給出用于擴增試驗的核酸溶液濃度范圍要求，以保證核酸樣本的質量與濃度符合要求，并且防止樣本間的混淆與交叉污染。企業應當對抽提的每一次核酸樣本的各種質控參數有詳細的記錄，建議包括但不限于核酸體積、質量、濃度、純度及完整性等。核酸濃度、純度檢測方法包括但不限于分光光度法、熒光法等；核酸完整性檢測方法包括但不限于瓊脂糖凝膠法、實時熒光定量PCR法等。如果提取、分離及純化的核酸樣本質量不符合要求，應重新取樣或擴大樣本量再進行核酸分離/純化。
2.2 靶向序列富集及測序文庫構建
靶向序列富集是指靶向性擴增一定大小的核酸片段，企業應對富集原理及方法進行詳細描述。企業應制定標準操作流程及質量控制方案，記錄包括靶向序列片段的濃度、純度及大小等參數。
企業根據具體的測序平臺的性能特點，對核酸序列進行片段化處理，片段的長短應符合后續測序的要求，片段化方法包括但不限于超聲法、酶切法等。企業應制定核酸序列片段化操作流程及質量控制方案，對經過片段化的核酸短序列的濃度、純度及大小等參數進行檢測并詳細記錄。
2.3 添加接頭（條碼或標簽）
測序文庫中的短核酸片段需要與測序載體連接后才能進行測序反應，這一連接過程需要先給短核酸片段添加接頭。NGS技術可以實現將多個來源不同的樣本混合后在一個測序反應中同步檢測，為了區分這些樣本，通常采用在每一個原始樣本的測序文庫中加上唯一的寡核苷酸標簽的方法進行標記，這些寡核苷酸標簽被稱為條碼或標簽。條碼和標簽可以包含于接頭序列內，也可以獨立于接頭序列。
添加接頭可以是獨立的步驟，也可以在靶向序列富集過程添加。企業使用條碼或標簽時，需充分驗證并滿足測序所需的質量要求，如測序深度、覆蓋度等條件。同時，企業應對潛在的問題進行充分研究，包括但不限于：條碼檢出率的均勻性、條碼互換比率以及條碼間相互污染或干擾等因素。企業應報告有效的條碼或標簽數量，并對每個條碼或標簽的序列及其位置有詳細、清晰的記錄。
3. 測序
3.1 測序平臺
目前商業上常用的第二代測序平臺根據測序原理可分為光學技術 (Illumina公司、華大基因公司為代表）和半導體技術（Thermo公司為代表）。每個測序平臺都有各自的特異性參數，包括儀器大小、通量、讀長、運行時間及測序成本等，企業應結合具體的臨床應用需求選擇合適的測序平臺。
3.2 測序及堿基讀取
企業應根據所選用的測序平臺，選擇合適的參數指標對測序質量進行監控，制定相應的管理制度及質量標準，并明確失控情況下的糾正措施。企業應根據具體應用情況，如測序區域的大小及序列特征等因素確定測序所需要的覆蓋度及深度。在測序過程中，企業應建立標準操作流程及質量控制方案監控整個測序過程當中的測序質量。企業應根據具體的預期用途，制定產品的測序覆蓋度和深度，并提供充分的理論依據及驗證結果。
堿基讀取是指識別一段基因序列片段每一個位點的核苷酸的過程。不同測序平臺具有不同的測序偏好性，可影響堿基讀取過程中的錯誤類型與比率。應用軟件可以消除或部分抵消測序偏好性的影響，提高堿基讀取的準確性。堿基讀取后，企業應對每個堿基讀取的質量進行評估。若堿基讀取質量有通用標準，則應遵循并引用；若沒有通用標準，可根據具體應用情況制定堿基讀取質量評價標準及分析方法，并提供充分的理論依據及驗證結果。
4. 生物信息學分析及報告
企業應對生物信息學分析流程有完整的記錄，建立完善的生物信息學分析軟件的版本控制方案。企業應建立生物信息學分析流程標準操作流程及質量控制方案，保證測序數據的分析、解讀及報告的準確性與嚴謹性。生物信息學分析應報告具有明確臨床指導意義的結果。
4.1 序列比對拼接
序列比對是指利用生物信息學軟件，將短的測序片段與參考序列進行比對后完成拼接的過程。參考序列應具有明確溯源性，可以是全基因組序列或基因片段序列。若預期用途為檢測未知病原微生物，難以提前確定參考序列，可以將測序結果進行互相比對，在此基礎上完成長序列的拼接。
不同的序列比對軟件的準確性、特異性及比對速度等方面均有差異，企業需根據具體需要進行選擇。企業需要評估序列比對的質量，若比對質量有通用的標準，則應遵循，并引用；若沒有通用的標準，則企業應當設立自己內部的標準，以保證比對結果的準確性。
4.2 待測基因序列的確認
決定檢測結果準確性的因素包括但不限于測序均勻度、覆蓋度和測序深度等。一般地，測序均勻度越好，覆蓋度越廣，深度越深，待測基因序列的拼接結果越準確。待測基因序列中某些特殊區域的測序深度可能很低，可據此設置產品的最低檢出限。企業需要對樣本測序結果各個位點的測序覆蓋度和深度有明確的計算方法和詳細的描述。
4.3 文件格式
生物信息學分析結果的輸出格式有很多種，但是無論何種格式的文件必須包含文件結構和數據組織形式的說明，以及其它格式文件和生物信息學分析軟件的兼容性說明。建議使用通用的文件格式，如比對結果使用“.bam”文件或其他，測序結果使用“.fastq”文件或其他。如果企業采用自己內部的標準格式文件，應建立該標準格式的詳細說明，并注明該文件格式與其它格式的兼容性及相互轉換的方法。
4.4 檢測結果解讀與報告
若預期用途為檢測人源基因，報告中應明確報告說明書中預期用途與檢測范圍涵蓋的變異位點與變異類型以及相應的遺傳注釋。建議基因名字應當與國際上通用的HUGO基因命名委員會命名規則(http://www.genenames.org)一致。
若預期用途為檢測病原微生物，檢測結果應明確測序樣本中是否含有待測病原微生物。如果是分型檢測試劑和耐藥突變檢測試劑還要明確報告病原微生物的型別及耐藥突變位點信息。
報告中建議包括但不限于明確的檢測結果，檢測方法及局限性等內容。原則上禁止報告中出現超出產品預期用途的檢測項目及結果。企業應制定明確的檢測結果解讀與報告的標準操作流程，對不明確的檢測結果以及非預期檢測結果應有詳細明確的處置方案。
5. 數據庫（參考序列）及數據儲存
數據庫（參考序列）的易用性、準確性及全面性等因素對于檢測結果的正確解讀極為重要。企業應結合產品的具體使用情況選擇數據庫（參考序列）并明確其溯源性。無論選擇何種類型的數據庫，企業應對最終的檢測結果負責。若企業使用自建的數據庫，應制定完整的維護方案（實時和定期維護方案）對數據庫內容進行增補或剔除，從而確保數據庫的準確性及全面性。
NGS檢測產生的數據量巨大，企業應當制定合適的數據存儲方案。數據存儲方式可為本地或云存儲，無論選擇哪種方式，企業應充分考慮數據存儲的時限性、安全性及穩定性等因素。對于已儲存數據的重新訪問與分析，企業應進行詳細記錄（如訪問時間，訪問人員、訪問內容及訪問目的等信息）。對于已存儲的數據，原則上允許對其進行基于新預期用途的重復分析，但禁止出具新的檢測報告。
（四） 性能評價
1. 核酸提取、測序文庫構建
核酸提取的完整性和純度以及測序文庫構建的質量都能影響檢測結果，因此應對上述步驟進行質量控制。建議的質量控制因素包括但不限于以下各項：用于核酸提取的樣本質量、體積；核酸濃度及核酸定量方法；核酸純化的質量及檢測方法；測序文庫的核酸質量、濃度及片段大小等。
2. 陰性、陽性參考品
2.1 預期用途為檢測人源基因
陰性參考品應涵蓋產品說明書中的預期用途與檢測范圍的野生型樣本，檢測結果應為陰性；
陽性參考品應涵蓋產品說明書中的預期用途與檢測范圍的變異型樣本，檢測結果應為陽性；
2.2 預期用途為檢測病原微生物
陰性參考品應包括與待檢病原微生物種屬相近、臨床癥狀相似的病原微生物，且應混入適量（參考臨床水平）的人源基因組。相應檢測結果應為陰性；
陽性參考品應包括產品說明書中預期用途與檢測范圍待檢病原微生物，且應混入適量（參考臨床水平）的人源基因組。相應檢測結果應為陽性。
3. 最低檢出限
建議可以從擴增反應終體系核酸濃度或基因變異序列所占百分率兩方面對最低檢出限進行評價。NGS檢測試劑具有同時檢測多個檢測位點或靶點的能力，可將多個最低檢出限參考品混合進行檢測，但應分別報告各個位點或靶點的最低檢出限結果。若預期用途為檢測人源基因，最低檢出限參考品應覆蓋所有基因變異類型；若預期用途為檢測病原微生物，最低檢出限參考品應覆蓋所有待測病原微生物。
建議最低檢出限參考品
優先使用臨床獲得的生物樣本（細胞系、病原微生物等）；對于某些難以獲得的樣本（如罕見基因類型、難以分離培養的病原微生物等），可以使用核酸模擬樣本（如假病毒、核酸片段、質粒等）。使用病原微生物或核酸模擬樣本作為參考品時，應混入適量（參考臨床水平）的人源基因組。
4. 精密性
對于定量檢測試劑，建議考察試劑的標準差或變異系數；若為定性檢測試劑，可不進行考察。建議從以下方面對NGS檢測試劑的精密性進行評價：
4.1 對可能影響檢測精密性的主要變量進行驗證，還應對第二代測序儀、操作者及地點等因素進行相關的驗證；
4.2 建議精密性評價方法考慮以下檢測因素，包括檢測周期、檢測次數、檢測方式（批內、批間）以及檢測人員數量等；
4.3 若預期用途為檢測人源基因，用于精密性評價的參考品建議覆蓋低頻率樣本；若預期用途為檢測病原微生物，用于精密性評價的參考品建議覆蓋弱陽性樣本。
5. 干擾物質
企業根據試劑盒所采用的樣本類型，確定潛在的干擾物質，并進行充分驗證。驗證干擾物質時，建議驗證的項目包括但不限于以下項目：
5.1 引物之間的互相干擾對檢測結果的影響；
5.2 潛在的PCR干擾物質對檢測結果的影響；
5.3 若預期用途為檢測病原微生物，應分別檢測目標病原微生物存在和不存在的情況下，非目標病原微生物（種屬相近、臨床癥狀相似）對檢測結果的影響，以及人源基因組對檢測結果的影響。
6. 其他問題
6.1 若產品適用的樣本類型不止一種，應對所涉及的樣本類型的適用性進行評估；
6.2 為保證檢測結果的準確性，企業應根據不同測序平臺的特性確定合適的測序覆蓋度及深度，并進行充分驗證；
6.3 生物信息學分析軟件及數據庫能直接影響檢測結果，因此應明確版本信息或最后維護日期。企業進行軟件或數據庫升級后，應評估對測序結果的潛在影響，以及是否需要對既往測序結果重新分析；
6.4 對于適用多個儀器的產品，應提供所有適用型號儀器的性能評估資料。不同型號儀器配套的測序試劑可能不同，且測序試劑的性能直接影響檢測試劑的整體質量，建議提供測序試劑的質量控制要求。
四、 起草單位
本指導原則由中國食品藥品檢定研究院醫療器械檢定所體外診斷試劑二室起草完成。
五、 參考文獻
1. 《體外診斷試劑注冊管理辦法》,（國家食品藥品監督管理總局令第5號），2014年07月30日。
2. 《中國生物制品規程》（2000年版），化學工業出版社。
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4. Next-Generation Sequencing for Infectious Disease Diagnosis and Management: A Report of the Association for Molecular Pathology. The Journal of Molecular Diagnostics, 2015, 17(6):623-634。
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8. Quantitative Molecular Methods for Infectious Diseases; Approved Guideline. NCCLS, MM6-A, Vol. 23 No.28. ISBN 1-56238-508-9。
9. Verification and Validation of Multiplex Nucleic Acid Assays; Approved Guideline. Clinical and Laboratory Standards Institute. NCCLS, MM17-A, Vol.28 No.9, ISBN 1-56238-661-1。
10. Translating Cancer Genomes and Transcriptomes for Precision Oncology. CA: A Cancer Journal for Clinicians, 2016, 66:75-88.
附錄名詞解釋
1. 脫氧核糖核酸（DNA）
核酸的一種。是由特殊序列的脫氧核糖核苷酸單元（dNTP）構成的多聚核苷酸，起攜帶遺傳信息的功能。DNA為一種雙鏈分子，通過核苷酸堿基對間較弱的氫鍵維系。DNA包含的4中核苷酸包括：腺嘌呤（A）、鳥嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T）和胞嘧啶（G）。人類存在兩種類型的DNA：來自細胞何種染色體的基因組DNA（gDNA）和線粒體DNA。
2. 核糖核酸（RNA）
核酸的一種。是與DNA類似的單鏈核酸，由核糖核苷酸按照一定的順序排列而成，含尿嘧啶而不含胸腺嘧啶，存在于細胞質和細胞核中，在細胞的蛋白質的合成和其他化學活動中起重要的作用。RNA分子包含信使 RNA（mRNA）、轉運RNA（tRNA）、核糖體RNA（rRNA）和其他小RNA等多種類型，分別行使不同的功能。各種RNA的混合物稱為總RNA。
3. 富集（enrichment）
通過特定的方法使得混合細胞或核酸樣本中待測核酸的比例增加，例如可以將不想檢測的核酸成分選擇性去除、或者對待測核酸成分進行選擇性探針捕獲或PCR擴增。
4. 測序文庫（library）
將生物體的全部基因組核酸或部分核酸切割成一定長度的DNA片段形成的集合，可用于下游的擴增和測序。
5. 聚合酶鏈反應（polymerase chain reaction，PCR）
對特定的DNA片段進行體外酶促快速擴增的分子生物學技術，模擬DNA的自然復制過程。引物按照堿基配對與DNA模板互補結合以后，在DNA多聚酶的作用下，按照堿基配對的原則（A對T，C對G），從引物開始合成與模板DNA互補的DNA鏈。
6. 測序（sequencing）
分析特定核酸片段的堿基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）與鳥嘌呤的（G）排列方式。
7. 第二代測序（next generation sequencing，NGS）
又稱大規模平行測序、高通量測序或深度測序等，指采用“邊合
成邊測序”的原理（光學法和半導體芯片法）對于幾十萬到幾百萬核酸分子同時進行的測序反應，再通過生物信息學分析法得到的待測樣本的核酸序列等信息的測序技術。
8. 靶向性測序（target sequencing）
對于特定的核酸區域，如特定基因、外顯子等區域，進行靶向性測序檢測。
9. 外顯子組（exome）
某生物個體的基因組中蛋白質編碼區域的全部外顯子的組合。
10. 全外顯子測序（whole exome sequencing，WES）
指對基因組中的全部蛋白質編碼區的序列進行測序。
11. 全基因組測序（whole genome sequencing，WGS）
指對基因組全序列進行測序。
12. 比對（alignment）
指根據兩個或多個的核苷酸序列的重合部分，來構建連續的核酸序列，或者據此找出序列結構變化的錯配、插入、缺失及易位部分。
13. 測序覆蓋度（sequencing coverage）
指測序獲得的序列占整個基因組的比例。
14. 測序深度（sequencing depth）
指測序得到的總堿基數與待測基因組大小的比值。
15. 接頭（adapter）
指用于偶聯寡核苷酸片斷的脫氧核苷酸短片段。
16. 條碼（barcode）或標簽（index）
指一段特征性的脫氧核苷酸短片段；在多樣本混合檢測時，充當一個識別特定樣本來源的唯一標志。